【あらすじ】
20世紀末、この世はコンピュータによる高度情報化時代の真っただ中。
「広域Aランク犯罪者記号・P26号」、これこそが世界的な怪盗「ルパン三世」の全世界の警察に収蔵されているの犯罪記録データの通称である。
ある夜、パリ市警本部を訪れた銭形警部は、このデータをパリ市警職員の制止を振り切って、やや強引に借りていく。
だが、エレベーターに乗り込んだ銭形を待っていたのは、もう1人の銭形だった。
なんと、データを借りてきた銭形は銭形警部に変装したルパン三世だったのだ。
ルパンは、世界中の警察にインプットされてしまった自分達のデータを盗むべく奮闘していたが、全てのデータを盗み終えるまでにあと50年はかかると推測。
仕事がやりづらいことと、ジュディという女に惚れたのを理由に、ルパンは新しい仕事を持ち込んできた相棒、次元大介に泥棒引退を宣言する。
次元の持ち込んだ仕事とは、彼の旧友ルースターが自由の女神に隠したという世界最大のダイヤモンド「スーパーエッグ」を取り出すという大仕事だった。
次元がルースターと2人でスーパーエッグを取り出そうと計画を練っているところへ、引退宣言をしたはずのルパンが現れる。
なんと、ルパンは自分の所有しているクレジットカードをジュディに自由に使わせていたのだが、ジュディは他の男の許へ去ってしまい、クレジットカードに残された借金3億ドルだけが手元に残ってしまったのだと次元に泣き付いてくる。
ルパンが次元の前で泥棒復帰宣言をしたその時、ルースターを目当てにダイヤの持ち主である秘密結社「スリーメイソン」が3人を襲ってくる。
なんとかその場を離れることに成功した3人であったが、逃亡途中にルースターが撃たれて死亡してしまう。残された手がかりはスーパーエッグが自由の女神のどこかに隠されているということだけ。ルパンは、スリーメイソンとの水上戦を潜り抜け、巨大バルーンの大仕掛けで「世界最大の美女」をかっさらう。
だが、かっさらった自由の女神はマイケルという生意気なパソコンキッズのおまけ付きだった。
マイケルのパソコン検索の結果、自由の女神を隠すのに最適な場所は「グランドキャニオン」だということが判明し、ひとまずそこへ自由の女神を運ぶ。
ルパンは、なぜ自分たちについて来たのかとマイケルに詰め寄る。マイケルは、データを破壊するだけでなく、プログラムに侵入してこれを支配してしまうことができる世界最強のコンピューターウイルス「ニューウイルス」のネットワーク・ソフトウェア単独製作者である母親を探し出してほしいと言うのだ。
警察のデータも自由に書き換えられると聞いたルパンは、さっそくニューウイルス探しに乗り換えたのだったが、事態はすでに胎動していた。
五右ェ門がシベリアで助けた美女イザベル。
不二子が狙った宝石密輸犯罪組織スリーメイソンの秘儀。
追われていたイザベルこそが、マイケルの母親にしてニューウイルスを開発した天才博士でもあるスリーメイソンのNo.2だったのだ。
スリーメイソンのNo.1であるシルバーマンを殺害し、自らがNo.1に上りつめたイザベルは、スーパーエッグを掲げて自分の潜在意識の底からニューウイルスを呼び覚ます。
「世界を我が手に…」、その歓喜のエクスタシーの中で、彼女はNo.3であるジミー・カンツの狂刃に倒れた。
ルパンは、イザベルを救い出し、スリーメイソンのビルから脱出しようとする。
だがその時、マイケルのパソコンにアメリカ国防総省とソビエト軍司令部からの緊急信号が入る。
それによると、何者かが両国のコンピュータへ侵入し、東西両陣営の軍事戦略コンピュータが支配下に置かれ、核ミサイル発射装置が作動してしまったというのだ。
しかも、もし核ミサイルが発射されれば全人類の生存確率は皆無に等しいと公表される。
原因がジミー・カンツのニューウイルス使用によるものだということがわかり、ルパンとマイケルは再び崩壊するビル内へと戻っていく。
核ミサイル攻撃による人類滅亡のカウントダウンが刻々と進む中、果たしてルパンとマイケルはニューウイルスを停止させ、全人類を救うことができるのか!?＞＞もっと詳しく

【放送日】
1989/4/1

【監督】
出﨑 統

【キャスト】
山田康雄（ルパン三世）　納谷悟朗（銭形警部）　小林清志（次元大介）　増山江威子（峰不二子）　井上真樹夫（石川五エ門）

【オープニング曲】
「THEME FROM LUPIN Ⅲ`89」

【エンディング曲】
「エンドレス・トワイライト-最後の真珠-」唄:慶田朱美

【DVD】ルパン三世 バイバイ・リバティー・危機一発!

【CD】ルパン三世　バイバイ・リバティー・危機一発!　オリジナル・サウンドトラック